Quale organo supremo di direzione, il consiglio direttivo Bio Suisse dirige le sorti dell'associazione e della Gemma. Esso nomina e dirige le numerose commissioni ad esso subordinate e conduce il segretariato centrale secondo il principio dell'accordo sugli obiettivi. Il consiglio direttivo emana la politica dell'associazione e dell'assortimento, stabilisce le condizioni per il rilascio di licenze e ammette gli enti di controllo e di certificazione.
Il consiglio direttivo tiene otto riunioni ordinarie all'anno e un seminario ai quali si aggiungono conferenze telefoniche e altre manifestazioni. Il consiglio direttivo si riunisce tre volte all'anno con i presidenti delle organizzazioni associate e delle commissioni Bio Suisse. In occasione di queste cosiddette conferenze dei presidenti si preparano le due assemblee dei delegati e si discute l'orientamento strategico.
Il Comitato esecutivo di Bio Suisse (da sinistra a destra): Dora Fuhrer, Milo Stoecklin, Claudio Gregori, Sepp Bircher, Karine Contat, Cédric Guillod, Urs Brändli
Josef Bircher (Malters, LU) – Sezione Progetti strategici e Ricerca
Urs Brändli (Goldingen, SG) – Presidente
Karine Contat (Grimisuat, VS) – Sezione Sapienza
Dora Fuhrer (Burgistein, BE) – Sezione Comunicazione ed Associazione
Claudio Gregori (Bergün, GR) – Sezione Qualità
Cédric Guillod (Praz-Vully, FR) – Sezione Finanze
Milo Stoecklin (Séprais, JU) – Sezione Mercato
